관세청에서는 수정수입세금계산서를 적정 발급하여 납세자의 재산권을 보호하고, 법 집행의 공정성을 확보하기 위하여 납세자 권리구제 절차 마련, 발급사유 구체화를 주 내용으로 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침」을 아래와 같이 일부 개정하였으며, 주요 개정사항인 분야별 추가 발급유형 및 납세자 사전권리구제절차에 대하여 하기와 같이 안내드리오니 업무에 참고하시길 바랍니다.

I. 주요 개정 사항

1. 수정수입세금계산서 발급유형 추가 (각 사유별 예시는 ‘붙임2’ 참조)

1.1. 공통 분야 (제11조 제3항)

일부 기간이나 일부 품목의 세액 오류가 발생한 경우에 대한 경미한 과실의 인정 등 하기의 발급유형 추가

1) 수입자가 수입물품의 거래조건 또는 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법 등이 변경된 것을 반영하지 못하여 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우로서 그 밖의 수입신고에 대해서는 과세표준 및 세액을 적정하게 신 고한 것이 「관세법」 제110조제2항제2호에 따른 관세조사 결과 확인되는 경우

2) 세관장이 과세처분 결정에 대한 견해가 명확하지 않아 상급기관에 질의를 하여 결정하는 등 세법해석상의 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 심한 경우

3) 세관장이 당초 경정한 처분에 대하여 관세청 내부 또는 감사원의 감사 지적에 따라 새로이 과세처분을 한 경우 

1.2. 과세가격 분야 (제12조 제1항)

수입물품의 과세가격이 변경된 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에하기의 발급유형 추가

1) 「관세법」 제31조부터 제35조까지에서 규정된 방법으로 과세가격이 결정되는 경우로서 다음 각 목의 어느하나에 해당하는 경우

- 「관세법」 제30조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

- 무상물품의 과세가격 결정과 관련하여 유사물품과의 단가 차이를 점검하거나, 거래 상대방에게 과세가격의 적정성을 확인하는 등의 노력을 한 경우

2) 「관세법」 제30조제2항 각 호의 금액을 거래가격에 과다하게 공제한 경우로서 수입자가 해당 금액을 산 정하는데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

3) 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며 과세처분을 하지 아니한 경우로써 과세가격 결정 관련 중요한 사실관계가 동일한 경우

4) 수입자가 세관장의 행정지도에 따라 과세가격을 신고하였으나, 관세조사시 과세가격 산정방식을 변경한 경우 

1.3. 품목분류 분야 (제13조)

수입물품에 적용하는 품목분류가 변경된 경우에 하기의 발급 유형 추가

1) 수입자가 자체 충분한 노력을 통해 기존 유권해석 사례, 판례 등에 비추어 품목분류를 신고한 경우로서 수입자의 과실이나 책임이 있다고 보기 어려운 경우

2) 유사한 구조·기능을 가진 물품의 품목분류에 관한 유권해석이 다양하며, 품목분류 변경고시가 되는 등 명확한 품목분류 결정에 어려움이 있는 경우

​2. 수정수입세금계산서 발급에 대한 사전 심의 요청 및 발급신청 (제19조, 20조)

납세자보호위원회(납보위)를 통한 사전 권리 구제절차 관련 조항 시설하여 반영

1) 수입자는 관세조사등의 결과통지를 받은 경우에 수정수입세금계산서의 발급 여부에 대하여 「관세법」 제 118조의4에 따른 납세자보호위원회에 심의를 요청할 수 있으며, 그 밖에 사전 권리구제 절차에 관한 세 부내용은 「관세청 납세자 보호에 관한 훈령」 및 관련 지침에 따른다. (제19조①,③항)

2) 수입자는 추가 납부한 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서를 발급받기 위해서는 제19조의 심의요청과 는 별도로 영제72조제6항에 따라 해당 부가가치세를 징수한 세관의 납세심사부서에 별지 제1호서식의 수정수입세금계산서 발급 신청서를 제출하여야 한다. (제20조 ①항)

II. 시행일 및 소급적용

1. 시행일 (부칙 제1조)

이 지침은 2022년 2월 7일부터 시행한다.

2. 미발급에 대한 사전 권리구제 절차 적용례

제19조의 개정규정은 2022.1.1. 이후 관세조사 등의 결과를 통지한 분부터 소급하여 적용한다.